COPASI

COPASI为计算系统生物学提供综合平台，可模拟生化网络的复杂动态。用户可选择确定性常微分方程进行大群体研究，或使用随机Gillespie算法捕捉分子相互作用的随机波动。其原生支持SBML标准，便于在科学界共享和验证模型。其他功能包括稳态分析、代谢控制分析和灵敏度评估，是研究人员理解复杂生物过程的重要工具。